L'École Centrale de Nantes est un Établissement Public à Caractère Scientifique, Culturel et Professionnel.
Dirigée par un directeur entouré d'une équipe de direction, l'École est administrée par un Conseil d'Administration, organe "législatif" qui définit la politique générale de l'école, vote le budget, les différentes subventions... assisté d'un Conseil des Études, instance chargée d'émettre des propositions et des avis qui préparent délibérations et les décisions du CA et d'un Conseil Scientifique, instance chargée d'émettre des propositions et des avis qui préparent délibérations et les décisions du CA.
Ces trois instances sont composées de membres représentant toutes les catégories de personnels de l'École, d'étudiants et de membres extérieurs, institutionnels et industriels.
Centrale Nantes est partie intégrante de l'établissement Nantes Université qui verra le jour le 1er janvier 2022 et participe à sa gouvernance à travers le conseil d'administration, le conseil académique et le directoire.